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在體系生物學(xué)和合成生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用層面，傅鵬程團(tuán)隊在國際上首先建立了藻類基因組尺度的數(shù)學(xué)模型，能夠正確展望細(xì)胞代謝過程，據(jù)此構(gòu)建生產(chǎn)乙醇的細(xì)胞工廠，開發(fā)光合微生物藍(lán)藻工程菌生產(chǎn)生物燃料的新技術(shù)和新工藝，通過該模型申請了多項美國專利及世界專利，近5年在相關(guān)領(lǐng)域發(fā)表了近50篇高水平研究論文。

目前主要從事藻類生物學(xué)與生物技術(shù)研究。與寶源生物合作開展微藻類綠色農(nóng)業(yè)投入品的開發(fā)與應(yīng)用研究工作，以微藻資源為基礎(chǔ)，開發(fā)以微藻培養(yǎng)液為核心的菌藻制劑及菌藻功能性肥料產(chǎn)品，促進(jìn)肥料生產(chǎn)和應(yīng)用技術(shù)的升級。